司法鑒定科學研究院創(chuàng)建于1951年，前身是1932年成立的司法行政部法醫(yī)研究所。中華人民共和國成立后，曾分別隸屬于華東軍政委員會司法部、最高人民法院華東分院、司法部、公安部，1960年因故撤銷。1983年經國家科委批準正式復建司法部司法鑒定科學技術研究所。2017年10月14日，經中央機構編制委員會辦公室批準更名為司法鑒定科學研究院，是司法部直屬的科研事業(yè)單位。

司法鑒定科學研究院執(zhí)行中央編辦、司法部賦予的“司法鑒定領域的基礎研究、應用研究和高新技術研究；全國重大疑難案件的司法鑒定和技術指導；司法鑒定高端人才的培養(yǎng)培訓；國內外學術交流等工作”職能。目前有職工235人，其中黨員130人，在編人員中，專業(yè)技術人員占74.67%，高級專業(yè)技術人員占專業(yè)技術人員總數的55.36%。先后有9人獲國務院政府特殊津貼，目前4人在職。

研究院設有法醫(yī)病理學、法醫(yī)臨床學、法醫(yī)精神病學、法醫(yī)物證學、法醫(yī)毒物化學、微量物證學、文件鑒定學、聲像鑒定學、痕跡鑒定學、電子數據鑒定、道路交通事故鑒定、環(huán)境損害司法鑒定、司法鑒定制度和文化等專業(yè)，儀器裝備已達到國際先進水平。

科學研究是研究院的基礎工作。長期承擔科技部、國家自然科學基金委、司法部和上海市科委的重點科技攻關項目，牽頭主持了“十二五”國家科技支撐計劃、“十三五”“十四五”國家重點研發(fā)計劃項目，在系統(tǒng)毒物分析、毛發(fā)中毒藥物鑒定、動植物有毒成分鑒定、死亡原因鑒定、傷病關系鑒定、道路交通事故綜合鑒定、男性性功能鑒定、聽覺視覺功能鑒定、復雜親緣關系鑒定、文件鑒定、聲像資料鑒定、法醫(yī)精神病鑒定、司法鑒定制度和文化研究等方面處于國內尖端行列，某些領域已達國際先進水平。2009年被確立為“上海市法醫(yī)學重點實驗室”。2010年獲批設立博士后科研工作站。2021年通過“司法部司法鑒定重點實驗室”驗收。2023年入選上海市科技成果轉化創(chuàng)新改革試點單位。

司法鑒定是研究院的主要職能。作為司法鑒定的“國家隊”，主要承擔全國各地辦案機關送檢的重大、疑難、涉外案件的司法鑒定，同時接受單位、個人委托，為行政執(zhí)法、公證、仲裁和民事活動等提供鑒定檢驗服務，年均鑒定量約2.5萬例，在維護國家安全和社會穩(wěn)定、維護公民合法權益、保障司法公正等方面發(fā)揮了重要作用。2010年被遴選為首批“國家級司法鑒定機構”。多次獲得“全國司法鑒定先進集體”“全國公共法律服務先進集體”等榮譽。

教育培訓是研究院的基本任務。作為研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地，與復旦大學、四川大學、中國刑事警察學院、中國醫(yī)科大學、華東政法大學等30余所高校開展合作，每年畢業(yè)碩士、博士研究生約30名。作為全國司法鑒定人繼續(xù)教育基地，編寫相關教材，每年開辦10-15期培訓班、對約2500名鑒定人開展繼續(xù)教育。學歷教育與在職培訓的有機結合、持續(xù)實施，有力促進了行業(yè)的人才儲備和隊伍建設。

技術指導是研究院的重要職能。作為行業(yè)主管部門依托的技術平臺，承擔司法鑒定領域國家標準和行業(yè)技術規(guī)范的研制，積極推進標準體系建設；2018年獲批國家級服務業(yè)標準化示范項目；至2023年底，牽頭研制并獲頒的司法鑒定國家標準12項、行業(yè)標準和技術規(guī)范共206項；榮獲2020年度“中國標準創(chuàng)新貢獻獎組織獎”；2022年起承擔“上海市標準化創(chuàng)新中心（司法鑒定）”建設。2005年以來，承擔年度行業(yè)能力驗證活動，為政府監(jiān)管提供技術支持，推進鑒定機構規(guī)范發(fā)展。2019年起設為國家資質認定司法鑒定行業(yè)評審組秘書處，并承辦行業(yè)“雙隨機、一公開”抽查監(jiān)督、“宋慈杯”優(yōu)秀司法鑒定文書評選等工作，促進行業(yè)公信力提升。

國內外學術交流是研究院的發(fā)展路徑。主辦的中文核心期刊《法醫(yī)學雜志》《中國司法鑒定》和英文期刊 Forensic Sciences Research，是行業(yè)學術交流的重要平臺；創(chuàng)辦的兩年一屆的“司法鑒定理論與實踐研討會”已經成為我國司法鑒定領域具影響力的國際性會議。代表中國司法鑒定行業(yè)出訪美國、英國、俄羅斯、澳大利亞、南非、日本等20多個國家，接待多國來訪，與各國司法鑒定機構建立了長期合作關系。

研究院按照《檢驗檢測機構資質認定能力評價 檢驗檢測機構通用要求》（RB/T 214-2017）、《檢驗檢測機構資質認定能力評價 司法鑒定機構要求》（RB/T 219-2017）以及《司法鑒定/法庭科學機構認可指南》（CNAS-CL08:2013）建立了司法鑒定管理體系。按照CNAS-CL03:2010《能力驗證提供者認可準則》（ISO/IEC17043:2010）建立了能力驗證管理體系，是我國較早通過實驗室認可、檢查機構認可、能力驗證提供者認可以及國家級實驗室/檢查機構資質認定“五合一”評審的司法鑒定機構。

研究院始終秉持“以科學捍衛(wèi)公正”的核心價值理念，遵循“嚴謹求是、科學規(guī)范、獨立客觀、準確公正”的質量方針，踐行“鑒定為民”的宗旨意識，聚焦“建設國際一流司法鑒定研究機構”的愿景，以公正的行為、規(guī)范的程序、科學的方法、正確的結論，服務司法實踐和行業(yè)發(fā)展，示范、引領和推動我國司法鑒定事業(yè)闊步前行。