1953年，就讀于廣東實驗中學(xué)。
1960年，畢業(yè)于北京醫(yī)學(xué)院（現(xiàn)北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部）并留校任教。
1960年7月至1971年8月，擔(dān)任北京醫(yī)學(xué)院（現(xiàn)北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部）放射醫(yī)學(xué)教研組助教。
1971年9月至1974年4月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院內(nèi)科住院醫(yī)師。
1974年4月至1978年8月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院內(nèi)科主治醫(yī)師。
1978年9月至1982年12月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院內(nèi)科副主任醫(yī)師、講師。
1979年至1981年，赴英國愛丁堡大學(xué)醫(yī)學(xué)院及倫敦大學(xué)呼吸系進修。
1983年1月至1986年12月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院副教授（于1985年后被指定為中央領(lǐng)導(dǎo)保健醫(yī)生）。
1986年12月至1995年，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院呼吸內(nèi)科教授、碩士生導(dǎo)師。
1987年12月至1992年10月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院院長。
1992年5月至2002年12月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院院長、黨委書記。
1992年2月至1997年12月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院附一院廣州呼吸疾病研究所副研究員。
1995年8月，擔(dān)任北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部呼吸內(nèi)科教授、博士生導(dǎo)師。
1995年10月至1996年10月，公派到加拿大蒙特利爾市麥吉爾大學(xué)做訪問學(xué)者。
1996年5月，當(dāng)選為中國工程院院士。
1997年12月至1999年12月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院附一院廣州呼吸疾病研究所主任醫(yī)師。
1999年12月至2012年10月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院附一院廣州呼吸疾病研究所教授/副所長。
1998年6月，擔(dān)任中國工程院醫(yī)藥衛(wèi)生工程學(xué)部副主任。
2003年，“非典”爆發(fā)，以鐘南山為代表的醫(yī)護工作者經(jīng)長期努力，抗擊了非典。
2005年4月，當(dāng)選中華醫(yī)學(xué)會第23屆會長。
2007年，獲英國愛丁堡大學(xué)榮譽博士學(xué)位。
2007年10月，擔(dān)任呼吸疾病國家重點實驗室主任。
2009年7月，擔(dān)任貴州醫(yī)科大學(xué)名譽院長。
2010年，獲澳門科技大學(xué)榮譽博士學(xué)位。
2012年10至2013年7月，擔(dān)任廣州醫(yī)學(xué)院附一院廣州呼吸疾病研究所教授/常務(wù)副所長。
2013年7月至今，擔(dān)任廣州呼吸疾病研究所所長。
2020年1月，新型冠狀病毒聯(lián)防聯(lián)控工作機制科研攻關(guān)組第一次會議，鐘南山任組長。
1997年，當(dāng)選為中共十五大代表。連任第八、九屆全國政協(xié)委員。
2008年，當(dāng)選第十一屆全國人大代表。
鐘南山先后受聘為世界衛(wèi)生組織醫(yī)學(xué)顧問、國際胸科協(xié)會特別會員、亞太分會理事。現(xiàn)任中華醫(yī)學(xué)會顧問、廣州呼吸疾病研究所所長、廣州醫(yī)學(xué)院院長、廣州市科協(xié)主席、廣東省科協(xié)副主席、香港中文大學(xué)（深圳）理事會成員等職。兼任中華醫(yī)學(xué)會理事和廣東、廣州分會副會長、中華醫(yī)學(xué)會呼吸學(xué)會副主任委員等職。
1984年，被授予中國首批國家級有突出貢獻專家稱號。
1990年，被評為中國全國衛(wèi)生系統(tǒng)優(yōu)秀留學(xué)回國人員。
1992年，獲中國全國衛(wèi)生系統(tǒng)模范工作者稱號。
1995年，被評為中國全國先進工作者（即全國勞模）并榮獲全國五一勞動獎?wù)隆?/p>
1997年1月，被中共廣州市委授予“模范共產(chǎn)黨員”的稱號。
2003年，再次被評為中國全國先進工作者（即全國勞模）并榮獲全國五一勞動獎?wù)隆?/p>
2003年，榮獲“中國醫(yī)學(xué)基金會華源醫(yī)德風(fēng)范獎”。
2003年6月，因在抗非戰(zhàn)斗的卓越表現(xiàn)，被廣東省委、省政府授予唯一一項特等功。
2003年，被廣州市授予“抗非英雄”榮譽稱號。
2004年，被評為“感動中國2003年度十大人物”之一。
2004年4月，被授予中國國內(nèi)衛(wèi)生系統(tǒng)的最高榮譽稱號——白求恩獎?wù)隆?/p>
2009年9月，被評為“100位新中國成立以來感動中國人物”。
2010年12月，被評為中國“十佳全國優(yōu)秀科技工作者”。
2016年6月，榮膺中國工程界最高獎項——第十一屆光華工程科技獎成就獎。
2018年11月，入選100名改革開放杰出貢獻對象。
2018年12月，黨中央、國務(wù)院授予鐘南山同志改革先鋒稱號，頒授改革先鋒獎?wù)?，并獲評“公共衛(wèi)生事件應(yīng)急體系建設(shè)的重要推動者”。
2019年9月，被評選為“最美奮斗者”。
2019年12月，入選“中國海歸70年70人”榜單。
2020年2月，入選國家健康科普專家?guī)斓谝慌蓡T名單。
2020年4月，獲愛丁堡大學(xué)首個杰出校友獎。
2020年5月25日，入選2020年廣東省全國先進工作者推薦名單。
2020年5月30日，被廣東省人民政府評為“最美科技工作者”。
2020年，入選全國教書育人楷模候選人名單。
2020年8月11日，獲“共和國勛章”。
