1961年-1976年，擔任江蘇省高郵市人民醫(yī)院醫(yī)師。
1977年-1978年，擔任江蘇省高郵市中醫(yī)院醫(yī)師。
1978年-1980年，就讀于中國中醫(yī)研究院（現(xiàn)中國中醫(yī)科學院）中醫(yī)學專業(yè)，畢業(yè)并獲得碩士學位。
1980年-1985年，擔任中國中醫(yī)科學院研究生部教研室主任。
1984年7月，加入中國共產(chǎn)黨。
1985年-1990年，擔任中國中醫(yī)科學院研究生部副主任。
1989年-1990年，擔任比利時歐洲中醫(yī)大學副研究員。
1991年-1994年，擔任中國中醫(yī)科學院研究生部副主任。
1994年-2001年，擔任中國中醫(yī)藥報社副總編，中國中醫(yī)科學院西苑醫(yī)院專家門診。
2001年-2010年，擔任北京中醫(yī)藥大學中醫(yī)學院（原基礎醫(yī)學院）中醫(yī)體質(zhì)與生殖醫(yī)學研究中心主任。
2017年12月，北京中醫(yī)藥大學國家中醫(yī)體質(zhì)與治未病研究院成立，擔任首任院長。
2019年11月，當選為中國工程院院士。
2020年，被聘為中國醫(yī)學科學院學術咨詢委員會學部委員。
2025年2月9日，創(chuàng)辦的國醫(yī)大師傳承工作室在大連市婦女兒童醫(yī)療中心（集團）正式揭牌。
根據(jù)2022年2月中國工程院網(wǎng)站顯示，王琦從事中醫(yī)體質(zhì)研究41年，發(fā)現(xiàn)中國人九種體質(zhì)類型及體質(zhì)和疾病相關性。創(chuàng)立中醫(yī)體質(zhì)學新學科，制定中國首部體質(zhì)分類行業(yè)標準，創(chuàng)建體質(zhì)辨識法，為中醫(yī)科學創(chuàng)新成果進入國家公共衛(wèi)生體系的歷史性突破。開創(chuàng)中醫(yī)男科學，首創(chuàng)調(diào)整體質(zhì)治療男性不育、男性勃起功能障礙等疾病，研發(fā)國家三類新藥2項。
根據(jù)2022年2月中國工程院網(wǎng)站顯示，王琦先后以第一或通信作者發(fā)表中英文論文430余篇。
根據(jù)2022年2月中國工程院網(wǎng)站顯示，王琦先后主持國家級課題15項，并擔任“973”項目首席科學家。
根據(jù)2022年2月中國工程院網(wǎng)站顯示，王琦先后以第一完成人獲得國家科技進步獎二等獎1項，省部級一等獎9項；國家發(fā)明專利18項，研發(fā)國家新藥2項。
王琦中醫(yī)藥理論造詣深厚，學術成就卓越，在中醫(yī)藥行業(yè)內(nèi)具有重大影響力，為中國中醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展作出了突出貢獻。（時任珠海市人民政府副市長閻武評）
王琦是中醫(yī)體質(zhì)學創(chuàng)始人，男科學創(chuàng)始人、學科帶頭人，是國家級重點學科中醫(yī)基礎理論學科帶頭人。（南方醫(yī)科大學中醫(yī)藥學院評）
1997年，第二批全國名老中醫(yī)藥專家。
2013年，全國優(yōu)秀科技工作者。
2013年，首都勞動獎章。
2013年，全國五一勞動獎章。
2013年，何梁何利基金科學與技術進步獎。
2014年，中華中醫(yī)藥學會終身成就獎。
2014年，香港浸會大學榮譽教授。
2014年，澳門科技大學榮譽教授。
2014年，第二屆國醫(yī)大師。
2018年，中國（澳門）中華中醫(yī)藥杰出貢獻終身成就獎。
2019年，全國中醫(yī)藥杰出貢獻獎。
2019年，慶祝中華人民共和國成立70周年紀念章。
2019年，中國工程院院士。
2020年，北京高校優(yōu)秀共產(chǎn)黨員。
2020年，北京市抗擊新冠肺炎疫情先進個人。
2020年，中華中醫(yī)藥學會中醫(yī)藥年度科普特別人物。
2020年，中國醫(yī)學科學院學術咨詢委員會學部委員。
2021年，首都精神文明建設獎。
2021年，第八屆樹蘭醫(yī)學獎。
王琦中醫(yī)藥理論造詣深厚，學術成就卓越，在中醫(yī)藥行業(yè)內(nèi)具有重大影響力，為中國中醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展作出了突出貢獻。（時任珠海市人民政府副市長閻武評）
王琦是中醫(yī)體質(zhì)學創(chuàng)始人，男科學創(chuàng)始人、學科帶頭人，是國家級重點學科中醫(yī)基礎理論學科帶頭人。（南方醫(yī)科大學中醫(yī)藥學院評）
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