魯齋書院始建于元延祐初年(1314年),由御史趙子敬提議、長安士人王庭瑞捐宅創(chuàng)建,因紀(jì)念元代學(xué)者許衡(號魯齋)而得名。書院原址位于西安府治東北,元代擁有學(xué)田不足70畝,經(jīng)費支出主要用于山長薪俸和生徒補(bǔ)貼。清光緒年間經(jīng)歷多次重建:光緒三年(1877年)李蓉鏡復(fù)建,光緒十一年(1885年)黃嗣東與樊增祥集資重修。晚清時期關(guān)學(xué)大儒牛兆濂、賀瑞麟曾主持講學(xué),光緒二十九年(1903年)改制為咸寧縣立兩等小學(xué)堂。
元仁宗延祐初年(1314年),朝廷為紀(jì)念許衡在京兆大興儒學(xué)教育的貢獻(xiàn),詔令創(chuàng)建魯齋書院。元延祐二年(1315年)御史趙子敬提議,長安士人王庭瑞捐出私宅作為院址。清嘉慶八年(1803年)并入養(yǎng)正書院,光緒十一年(1885年)黃嗣東于東關(guān)長樂坊重建書院。光緒七年(1881年)、十一年(1885年)黃嗣東與樊增祥兩次主持重修。光緒二十九(1903年)改制為近代學(xué)堂。
書院以傳播程朱理學(xué)為核心,元代被朝廷納入官學(xué)體系。清代重建后,光緒十一年(1885年)延請關(guān)學(xué)大儒賀瑞麟主講《西銘》,李用清講解《大學(xué)·誠意章》,黃彭年闡釋《中庸》首章,形成"三日一會講"制度,聽講者逾百人。黃嗣東制定《學(xué)規(guī)》十條,確立"明體達(dá)用"的教學(xué)原則。
元代擁有學(xué)田68畝,來源包括官府撥置與官員捐贈。政府設(shè)直學(xué)專職管理財務(wù),山長每月領(lǐng)取官俸糧3石、鈔3兩。經(jīng)費支出中生徒膏火占比最高,主要用于膳食補(bǔ)貼與書籍購置。清代重建資金來源于官員捐俸(如黃嗣東、樊增祥)、鹽法道撥款及地方集資。
鹽法道黃嗣東于光緒十一年(1885年)主持東關(guān)長樂坊重建工程,形成講堂、齋舍、藏書樓完備的格局。同期長安知縣焦云龍在1887-1891年任內(nèi),將書院建設(shè)納入地方文教體系,同步整修董仲舒祠并刊印典籍。重修工程耗資主要來自官員"捐廉"(捐獻(xiàn)養(yǎng)廉銀)與鹽稅盈余。
光緒二十九年(1903年)清廷推行"新政",書院改制為咸寧縣立兩等小學(xué)堂,保留原藏書樓作為校產(chǎn)。改制后保留"魯齋"石刻匾額,部分齋舍改建為理化實驗室,課程增設(shè)算術(shù)、格致等新學(xué)科。